考虑项目的复杂性和复用性。

1.复杂性，如果原项目很庞大很复杂，重构的成本就很大，呈正相关关系。

2.复用性。如果原始css做了具体的分类，每个功能做了相应的css模块分类，公用样式都做了分离，那么重构css就简单易用。如果js同样是模块化，面向对象开发，复用起来也就越容易。如果js按照面向过程的写法来写就不容易重构。
关于你说的class是否重复的问题。新项目建议完全采用新的class命名规范，比如wx-页面名-模块名-具体功能名称，虽然写起来比较麻烦，但是利于维护，或者你可以使用sass/less来嵌套css也是可行的。

ps:仅仅针对你说的这个cms网站来说，为何不直接使用，重构是因为需要加上新功能？改变原有功能？重构的好处是什么呢？