除了加上 clone 关键字，否则都是传引用。

$a和$b是同一个标示符的拷贝，都是指向同一个对象A，所以你改变$a或者$b的属性 其实也就是改变的同一个对象A的属性，但是$a和$b是两个不同的变量，他们两个不是引用关系。
$a=100,这里$a已经是变成整数类型，不再指向对象A了，$b还是指向的对象A。
$b = &$a;你改成这样，$a和$b就是引用关系，后面$b也会输出为100。

其实$a和$b都是指向的是对象的标识符，也就是你输出时看到的#1，而这个标识符才是指向的对象。

而当你设置了$b=100时，此时改变了$b的指向，但是并不会影响$a的指向。

1. 对象在函数中是引用传递
2. 即使赋值给其它变量，也是引用
3. 但是改变了$a的类型，准确的说是zval.value指针都变化了，所以此时产生了分裂。

所以：

尽量避免函数内操作外部对象，否则有可能造成致命性的逻辑错误，特别是改变对象数据的时候。
或者在做对象数据传递的时候要注意数据的严谨性。

php5之前是值传递:
比如PHP4 有这样的写法 $obj = & new object();

php5之后就不用这样写了:
$obj = new object();

造成这种疑问的，都是把引用当成指针去理解了.

我看了大家的回答，我仔细阅读和思考了之后，打算也做一份我的答案。

1. 首先，引用和指针是不一样的，指针在C语言里的概念是表示变量的地址；
2. 引用在PHP里是表示变量2是变量1的别名，如：

$a = 'hello';
$b = &$a;

此时可以说$b就是$a，$a就是$b；是同一个东西，比如你英文名叫 Steven,中文名叫 二狗子，不管叫啥，都是你。

然后说一下PHP5之后的“对象默认都是引用传递”这件事情。
如：

class Obj() {
    public $o = 'hello';
}
$a = new Obj();
$b = $a;
$c = &$a;

此时，$b=$a其实表示的并不是$b是$a的引用，$a 和 $b可以说是没什么关系的，有关系的是实例化Obj类得到的对象。
也就是说，此时$a和$b都是实例化Obj后得到的对象，而$b=$a唯一产生的是$b从$a这里得到了实例化Obj后的引用；
然后看$c = &$a
此时是$c是$a的引用，也就是说$c就是$a；
假设：

unset($b);
unset($c);

那么unset($b)只是删除了实例化Obj后得到的对象的一次引用计数，
unset($c)则删除了$a和$b（因为两个表示同一个东西);

同样的，假设：

$a->o = 'test';
echo $b->o; // string 'test'

虽然说$a和$b'没什么关系'，但是与实例化后的对象有关系，也就是$a改变的是实例化后的对象的数据，而$b的调用也是调用了这个对象的数据，所以从一定层面上看起来其实是有关系的。

再一个假设这样说还不明白的话，从我们web的业务逻辑来看。

用户A和用户B都登陆了网站，用户A改变了存储评论的数据表的数据，用户B假设去取这条数据，则用户B获取到就是修改后的数据，而其实用户A和用户B是没什么关系的。
而引用其实类似于用户A同时在手机端和电脑端登陆，然后改变了评论数据表的数据，不管是在手机端还是在电脑端重新获取数据都是修改过的，但是实际上就是一个人。