因为你每次for循环的时候，给按钮添加了点击事件，同时btn也会指向不同的按钮，在最后一次循环的时候，btn指向了最后一个按钮，所以每次输出的都是4

this.value; // 试试

题主的 for 循环跑完后，实际上：

i=5
btn = 最后一个 input

为什么这样呢，我们来看下代码，稍微改了下：

for(var i=0;i<5;i++){
    var btn=document.createElement('input');
    btn.setAttribute('type','button');
    btn.setAttribute('value','btn'+i);
    document.body.insertBefore(btn,document.body.firstElementChild); //直接插入到文档最前面，方便测试
    btn.onclick=function(){
        alert(btn.value);
    };
}

要知道 es6 之前是没有块级作用域的，且

用 var 定义的变量会有一个声明提升的特性，这个动作开始于代码执行之前，会将 var 定义的变量提升到所在函数或全局环境的顶端，但是赋值操作仍然停留在原地

题主的代码其实相当于：

var i,btn;
for(i=0;i<5;i++){
    btn=document.createElement('input');
    btn.setAttribute('type','button');
    btn.setAttribute('value','btn'+i);
    document.body.insertBefore(btn,document.body.firstElementChild);
    btn.onclick=function(){
        alert(btn.value);
    };
}
console.log(btn); // btn 被赋值了5次，覆盖了4次，最后一个是 btn4，所以很显然是最后一个
console.log(i);  // i=5的时候跳出循环，所以 i 最后一个值是 5

这样是不是就很好理解了？

因为你给 btn 绑定的事件处理程序（回调函数）并不是马上执行，触发的时候才执行，这个时候 btn 已经被覆盖了4次，变成最后一个 btn 了；

核心原因是： var 有声明提前的特性。如要改的话，有多种方式，这里暂就说两种：
法一：btn 改为 this （推荐）

for(var i=0;i<5;i++){
    var btn=document.createElement('input');
    btn.setAttribute('type','button');
    btn.setAttribute('value','btn'+i);
    document.body.insertBefore(btn,document.body.firstElementChild);
    btn.onclick=function(){
        alert(this.value);
    };
}

在事件绑定中，如果事件处理程序（也就是回调函数）中没有嵌套的函数，事件绑定在谁身上，this 就指向谁，如果回调里还有嵌套函数，this 默认指向全局对象，所以这里 this 就指向了绑定时的那个 btn;不明白戳这
法二：用 let 代替 var

for(var i=0;i<5;i++){
    let btn=document.createElement('input');
    btn.setAttribute('type','button');
    btn.setAttribute('value','btn'+i);
    document.body.insertBefore(btn,document.body.firstElementChild);
    btn.onclick=function(){
        alert(btn.value);
    };
}

这是 ES6 的内容，详细理解戳这：深入理解ES6-中

或许你可以把里面的点击事件包成匿名函数自执行然后传参，也可以应用ES6里面的let 声明循环变量，因为在每一个{}中都是一个let作用域