其实和你的业务还是有很大的关系的.
如果你的业务和钱有关系,那么最好就是InnoDB.
我的公司都是以资讯内容为主,当时也在选择引擎的时候犯难,最后我们直接拿几百万的数据来测试,发现还是MyIsam比较合适,当时的测试版本是5.5的

InnoDB存储引擎提供了具有提交，回滚和崩溃恢复能力的事务安全。对比MyISAM的存储引擎，InnoDB写的处理效率差一些，并且会占用更多的磁盘空间以保留数据和索引。
MyISAM：主要以读操作和插入操作为主，只是很少的更新和删除操作，并且对事务的完整性，并发性要求不高，选择这个存储引擎比较合适。还是在web、数据仓储和其他应用环境下最常用的的存储引擎之一。
InnoDB：用于事务处理应用程序，支持外键。如果应用对事务的完整性有比较高的要求，在并发条件下要求数据一致性，数据操作除了插入和查询以外，还包括很多更新，删除操作，那么InnoDB应该是比较适合的选择。

要速度快用myisam,要数据安全用innodb,要折腾要Ｂ格高用postgrelsql.

如果忽略业务数据的一致性问题，只是往表里灌数据，那MyISAM会比InnoDB爽得多。
但实际项目中这种例子并不多，而不使用事务操作的话，存储方面我还有很多选择。

另外想想这样的场景，就是MySQL主从时主库用InnoDB从库用MyISAM，这样做读写分离会不会好一点?
但如果要搞主库选举切换的话，这样搞反而碍事了。

另外有全文索引的问题，版本是5.7的话可以试试http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/full-text-plugins.html

最好用innodb 因为支持事务回滚