webpack，你值得拥有
ES6更支持所谓的模块化
你可以搜索一下《Javascript模块化7日谈》
写的很棒

我在大概一年前也有同样的困扰，你可以看到，大家的回复都很重肯，很多老司机。
其中这个回答非常棒，体现了很清晰的良好的设计思想，可以说一下点醒了我：

如何在绑定事件的时候，不用关心具体绑定给谁？

事实上，当你开始思考这个问题的时候，说明你开始走起了前端之路。

从jQuery解脱

你需要改变现有类似$('.class1')这种方式，有计划的用事件委派来绑定，这样你的问题解决了，也是第一步迈出了。想想看为什么你看到的牛逼的代码感觉很牛逼？
你需要抽离jQuery的部分和真正逻辑部分，相信我，我理解DOM操作复杂度，我也理解业务复杂度，所以你才需要拆分，不要再看到$('.class').parent().next().next()这种的。

面向对象

记得大学的课程吗，之所以叫面向对象思想，因为这是一种思考方式。你需要将代码颗粒、分散成小而美满足面向对象思想的结构，比如可复用性、适度的封装、善用继承等。
接下来对项目目录和文件结构，甚至命名有要求。简单说不再是一个页面一个js或者一个功能一个js，而是一个对象一个js。

沉淀代码

开始尝试比如React，AngularJS等，看看为什么这些框架写出来的和你现在业务代码不一样。推荐React。
这时候在回来思考你的代码，封装自己的DOM操作方式，形成自己的框架，和完整的前端工程体系。

最后

我总结了下这个路程：

1. 开始有计划的用事件委派来绑定

2. 开始抽离jQuery的部分和真正逻辑部分

3. 开始将代码颗粒、分散成小而美满足面向对象思想的（比如可复用性、适度的封装、善用继承等）结构

4. 开始对项目目录和文件结构，甚至命名有要求

5. 善用技巧，摆脱类似$('.class1')这种方式

6. 开始尝试比如React，AngularJS等。

7. 封装自己的DOM操作方式

8. 形成自己的框架

9. 形成完整的前端工程体系

祝好运

react ＋ redux ＋ webpack 不光解决你 这么长的问题。。还附带前端性能优化，，代码组织优化，逻辑优化，语法优化 等 各种各样的大礼包

模块化、良好的项目构建、源码组织是跑不了的了

angular 模块化开发。gulp 做包管理。压缩合并编译之类。

看一下设计模式吧，感觉非常的优雅，可以用漂亮来形容

你可以学一下javascript设计模式。
可以让你的代码更优雅
http://www.oschina.net/translate/learning-javascript-design-patterns?lang=chs&page=1#
另外现在操作dom已经越来越少使用到jQuery了，你可以尝试使用react这样的东西，可以让你发现一个全新世界。

我目前用的解决方式是seajs来进行javascript模块化，解决了库的依赖和模块化问题，另外还支持异步加载