node或者说js的特性（单线程，异步，弱类型）决定了它比较适合快速的做简单的东西，你可以不用考虑很多底层的东西，不用考虑数据类型转换，完全不用应用服务器，很快就做出一个应用。但是当应用的体积庞大之后，有一些问题就会暴露出来。这里不说效率，单单是代码的可维护性上，就差java很多。相对来说，java限制比较多，语法比较严格，但这些限制决定了java的程序都会有个风格比较一致的外表，比较容易阅读和维护。

所以一般来说，node不会用来实现比较复杂的业务逻辑。面向对象的语言在控制业务上有很强的能力，比如java。

而且，java流行的时间远比node早，国内很多商业公司，包括银行，他们的业务系统都是java实现的。在这方面，这些公司沉淀了很多经验，也投入了很多资源。即使他们的业务比较适合用node，也是会逐步而不是完全替代java。比如，先用node实现路由和渲染。我现在正在做的项目就是类似这种。

但以上都不是不变的，好的node程序员能写出比烂的java程序员更好的应用，这是毫无疑问的。就像我一位同事所说，java能保证程序的底限，因为它本身就有强制性的诸多原则，而且还有面向对象的诸多知识例如设计模式可供参考。但是node，是没有上限的，同时，也是没有下限的。

针对楼主的问题来回答。
1、为什么nodejs为什么只适合做中间层？
不妨换个思维，nodejs去做业务层、数据层会怎样？我用纯nodejs做过应用，发现业务逻辑层太难写了，由于nodejs天生的语言缺陷，复杂的逻辑在碰到一堆callback的时候代码简直没法看，即使用了promise之类的库，也没法完全弥补这个缺陷。大型的网站架构非常注重可维护性，代码可读性低，可维护性自然低了。
2、为什么撼动不了java的地位？
两者的定位本来就不同，为什么要取代呢？两个语言存在不一定要是你死我活的，大型it项目往往是多语言结合的，取长补短，复杂的业务逻辑用java来做，用nodejs处理一些路由映射和参数校验，前端工程师也能部分参与后台工程师的工作，这样项目可扩展性其实更好。

看看2者的社区，再过3年，这个问题的答案就完全不同了。语言不是关键，关键是人，活跃在社区里的人，人才是创造的根本。其实js这种大家都认为是玩具的语言，没想到能走到这一步。

java强在计算。
node强在IO，并且同是js堆栈，对前端比较友好，而恰好在应用复杂后，前端需要来处理controller了，而Java做好接口服务的职责就好。
另一方面，node作为中间层，以异步的特性，也可以一定程度降低异构系统的差异化成本吧。

nodejs感觉是给前端往全栈发展而设计的，java更加有历史沉淀，开发稳定迅速，有许多开源的框架。

nodeJs 高并发 ，更加灵活，java更加稳定！～～

nodejs适合做简单业务，比如说基于HTTP API接口，相反如果用它来做个BOSS（Business . Operation Support System，业务内容支撑系统），就显得单薄了些。再比如说一些常驻内存的任务，比如说消息队列类的任务，用nodejs也可以做，但是感觉太别扭，这个时候还是感觉java好一些。
当然nodejs的长处就是开发效率高，对于一些业务场景比较单一的公司是比较适合的。
总之，编程语言的选型和公司业务是挂钩的，具体情况也具体分析。

因为你的问题太简单粗暴：nodejs 是个平台，而 java 是个语言，这两个根本没法直接比较，更不要说中间层这个意思都没表述清楚，那撼动是肯定没戏了;P

我给你一个简单粗暴的回答吧：nodejs 相当于一个没有 IDE 的 ASP.NET，只是单纯轻便快速而已，跟 PHP 之类的相比较还好，Java 就算了，完全不是一种类型的工具。而且 Java 生态更加开放（虽然有 Oracle），总比 Joyent 自己玩好。

nodejs --> V8 --> C++ 解释 --> 编译机器码
java --> JVM C++ 解释 --> 编译机器码

理论上, 你可以做 java 做的任何事情. 实际上, js 的数字和字符并没有具体设置, 占用的内存更多, 在进行计算的时候, 没有 java 高效. 而 java 虽然做了具体的数字和字符区分, 但是需要虚拟机和垃圾内存检测, 性能上要远低于 C++ 和 C.

Node.JS的最大优势就是异步,但是回调增加了编程的复杂度,而且JS对面向对象支持也不好.